La primera construcción del Hospital San Juan de Dios, donde se emplaza la capilla ubicada en la Avenida O’Higgins de Chillán, data del decreto oficial del 22 de febrero de 1791, en “los aledaños de Chillan Viejo”, el que dio término a una larga tramitación e interminables gestiones de vecinos y autoridades por contar con un recinto de salud. El documento fue firmado por el gobernador general de Chile,  Ambrosio O’Higgins y fue el cuarto hospital en su tipo creado en Chile.

Un vecino de la ciudad, José Gambino, impulsó en 1786 la obra de fundar en Chillán este hospital de caridad. Más tarde logró el apoyo de la comunidad y de las autoridades para hacer realidad este anhelo.

El hospital fue construido y entregado a la administración de los hermanos de la Orden Hospitalaria de San Juan de Dios y su fundador fue el chillanejo fray José Rosauro Acuña. Los hermanos se retiraron en el año 1867 y el recinto pasó a ser atendido por las religiosas francesas Hermanas de la Caridad y la capilla por los Padres Lazaristas, venidos también de Francia.

La construcción actual data de 1874 y es de adobe. La capilla se levantó para acoger los servicios religiosos dentro del antiguo Hospital San Juan de Dios, que resultó destruido por el terremoto de 1939. Sin embargo, permaneció en pie la nave central y algunas dependencias anexas a la capilla, que funcionan hasta hoy.

Los muros del templo tienen un metro de ancho y en la parte que rodea el altar son de adobe, con armazón interior de sarmientos de viñas, para darles mayor consistencia. En un patio interior se conserva la misma campana, sustentada en un tosco andamiaje y rodeada de corredores que presentan un aspecto colonial por sus postes de madera antigua sobre bases de piedra natural. Incrustados en el pórtico de la capilla se observan dos nichos. En el primero,  está tallado en madera el rostro de San Juan, y en el segundo está San Roque en imagen de material modelado.